São realizadas consultas mensais, em um consultório próprio na sede da APAE, aonde os alunos vêm acompanhados pelos pais ou responsáveis. O trabalho é realizado por um médico psiquiatra e visa à contribuição na identificação de um programa adequado ao desenvolvimento de cada aluno, orientações sobre as doenças e medicamentos, acompanhamento de casos, avaliação e diagnóstico.