O trabalho de Fonoaudiologia na APAE desenvolve-se por meio de avaliações, tratamento e prevenção de alterações fonoaudiológicas nas áreas de abrangência dessa ciência. Os atendimentos acontecem individualmente e também com o apoio da equipe multidisciplinar. A área atua na reabilitação das funções motoras orais, no desenvolvimento de técnicas que ajudem a superar problemas no desenvolvimento sensório-motor-oral, na estimulação das habilidades de linguagem, no desenvolvimento de materiais de apoio quando necessário e realizar intervenções fonoaudiológicas e encaminhamentos.